Nel XVII
secolo il potere dell'Impero Ottomano cominciò ad indebolirsi e nel
1683 l'armata turca, impegnata nell'assedio di Vienna, venne sconfitta
nella battaglia dell'11-12 settembre dall'armata polacca di Giovanni Sobieski,
sconfitta che segnò l'inizio del progressivo ritiro dei turchi
dall'Europa dell'Est. Sempre nel 1688, la Dieta transilvana rigettò la
sovranità ottomana, passando sotto la protezione dell'Austria degli
Asburgo. A seguito della vittoria di Eugenio
di Savoia
nella Battaglia di Zenta dell'11 settembre 1697, il
26 gennaio 1699 a Carlowitz (Sremski Karlovci, in
Serbia) viene firmato un trattato di pace tra turchi, Aaustria,
Venezia, Polonia e Russia, che pose fine ai quindici anni delle guerre
austro-turche, segnando l'inizio del potere degli Asburgo in Europa e
formalizzando il passaggio della Transilvania all'Austria.
Dopo
la vittoria contro Michele
il Coraggioso, Il generale asburgico Giorgio Basta iniziò una
repressione in Transilvania conto i protestanti, espropriando i loro
beni, ma fu sconfitto dall'esercito del nobile ungherese Ştefan
Bocskay
(1605-1607). Facendo affidamento sul supporto dei Turchi, nel 1606 come
principe
di Transilvania concluse dei trattati con gli Asburgo per
riconoscere il proprio titolo, garantire la libertà di religione e
l'indipendenza della Transilvania. Dopo la morte di Bocskay, come
principi gli successero Gabriel Báthory (1607-1613)
e Gabriel Bethlen (1613-1629). Grazie allo spirito
illuministico del governo di Bethlen, la Transilvania conobbe un
periodo di
estrema prosperità, con lo sviluppo dell'agricoltura, dell'industria,
del
commercio e dell'istruzione, ma gran parte delle sue riforme furono
abrogate dalla Dieta transilvana dopo la sua morte. Il nuovo principe
fu Gheorghe
Rákóczi I (1630-1640), che combatté con i protestanti nella
Guerra dei Trent'Anni, ottenendo nel 1648 con la Pace di Westfalia il
riconoscimento della Transilvania
come stato sovrano. A seguito di un attacco
contro la Polonia non coordinato con gli Ottomani, Gheorghe
Rákóczi II (1648-1660) provocò l'offensiva degli eserciti
Turchi e Tartari contro la Transilvania che pose fine al suo periodo di
massimo splendore. In Transilvania la situazione della maggior parte
dei rumeni era critica, con l'estromissione dalla vita politica e la
sottomissione feudale ai signori locali per qualsiasi iniziativa: dal
matrimonio, al commercio, al trasferimento in un'altra parte del paese.
Inoltre, pesanti tributi venivano richiesti per la chiesa Cattolica di
Roma e quella Protestante, mentre i sacerdoti Ortodossi vivevano nella
povertà, sopravvivendo tramite il lavoro nei campi.
Con gli Asburgo venne
favorita la pratica della Religione Cattolica rispetto a quella
Protestante, maggiormente diffusa in Transilvania, con
molte chiese Protestanti passate al culti dei Cattolici ed i pastori
Ortodossi
invitati ad unirsi alla Chiesa Unitariana, che
mantenendo il rituale
Ortodosso accettava alcuni punti della dottrina Cattolica e
riconosceva l'autorità del Papa. L'imperatore Leopoldo I del Sacro
Romano Impero proclamò nel 1699 e nel 1701 l'unione della Chiesa
Ortodossa della Transilvania con la Chiesa Cattolica di Roma, ma gli
Asburgo e molti fedeli e religiosi Ortodossi rifiutarono questo
cambiamento. La Chiesa Unitariana, che ebbe il suo centro principale
nella Scuola Transilvana (Şcoala Ardeleană)
a Blaj nel sud della Transilvania, fu un un centro importante di
sviluppo della cultura rumena motore della nascita dello spirito
nazionale rumeno con intellectuali come Constantin
Cantacuzino,
Dimitrie Cantemir, Ioan Budai Deleanu, Petru Maior, Samuil Micu e
Gheorghe Sincai. Grazie a questa scuola le idee e
la storia delle origini daco-romane vennero conosciute a Vienna.
Inoltre, l'alfabeto
latino fu adattato alla lingua rumena in sostituzione del
cirillico e vennero pubblicati libri di preghiera
e grammatica rumena. Fu proprio Inocentiu Micu Klein,
un sacerdote Unitariano nominato dapprima
barone e poi membro della Dieta, ad essere il primo portavoce della
lotta per l'uguaglianza dei rumeni in
Transilvania. Dal 1729 al 1744, Klein presentò numerose petizioni a
Vienna e alla Dieta transilvana sui diritti dei rumeni,
sul riconoscimento del loro contributo economico e di persone
all'apparto dello Stato, sull'equiparazione dei sacerdoti Unitariani e
Cattolici, la riduzione degli obblighi feudali, la restituzione delle
terre espropriate ed il diritto all'educazione dei
giovani. I delegati Szleker, tedeschi e ungheresi, però, rigettarono le
richieste del vescovo, che successivamente portò le sue richieste anche
a Roma, dove
morì nel 1768 senza riuscire ad ottenere l'appoggio del Papa.
Parziale risultato delle lotte di Klein fu il riconoscimento nel 1762
di un'organizzazione per gli Ortodossi in Transilvania, anche se non se
ne riconosceva ancora l'uguaglianza tra la Chiesa Unitariana e quella Ortodossa.
L'imperatore Giuseppe II d'Asburgo (1780-1790) conobbe lo stato di miseria dei servi della gleba romeni durante i suoi viaggi in Transilvania e alla sua nomina ad Imperatoredel Sacro Romano Impero, emanò un programma di riforma influeanzato dall'illuminismo francese, con un programma di accentramento amministrativo, educazione publica, tolleranza religiosa e riconoscimento dei diritti dei Cristiani Ortodossi. Le aperture dell'imperatore, però, vennero interpretate come un supporto alle rimostranze della popolazione che nel 1784 si ribellarono ai signori feudali locali sotto la guida di Crişan, Cloşca e Horea. La rivolta venne repressa dagli Asburgo, anche se ai partecipanti venne garantita l'amnistia mentre i capi vennero giustiziati. Per eliminare la causa del malcontento, la servitù della gleba venne annullata, come furono annullate la costituzione della Transilvania, l'Unione delle Tre Nazioni e venne dichiarata lingua ufficiale il tedesco.
La resistenza nei controti delle riforme di Giuseppe II da parte del clero Cattolico e dei nobili ungheresi riportarono rapidamente la popolazione ad uno stato di forte insoddisfazione, oltre a scatenare una serie di spinte nazionalistiche all'interno dell'impero, con gli ungheresi che chiesero la riunificazione della Transilvania all'Ungheria. Altra conseguenza della spinta della germanizzazione dell'impero e della magiarizzazione dell Transilvania FU un risveglio culturale dei rumeni e delle altre minoranze della regione. Nel 1791 un vescovo Ortodosso ed uno Unitariano rumeni presentarono all'imperatore Leopoldo II d'Asburgo (1790-1792) una petizione per riconoscere ai rumeni diritti politici e civili e parificare i diritti del clero Ortodosso e Unitariano. Come risultato della petizione, la Transilvania venne ripristinata come entità territoriale, governata dalla sua Dieta, ma la Dieta permise solo di poter praticare la fede Ortodossa, senza riconoscere la Chiesa Ortodossa ed i diritti civili dei rumeni.
Francesco I d'Asburgo (1792-1835), successore di Leopoldo, nel suo immobilismo, portò 40 anni di ristagno politico, ignorando la costituzione della Transilvania e non convocando la Dieta transilvana per 23 anni fino al 1834; in questa convocazione i deputati ungheresi chiesero di usare il magiaro come lingua ufficiale della Transilvania, cosa che avvenne nel 1843 in Ungheria e nel 1847 in Transilvania.
Matei
Basarab (1632-1654) fu l'ultimo discendente da una famiglia
della Valacchia ad essere incoronato principe nel 1632. Nel 1634,
principe di Moldavia divenne Vasile
Lupu (1634-1653), di origine albanese. La
competizione tra Matei Basarab e Vasile Lupu indebolì i due principati
con Vasile che attaccò la Valacchia, ma venne respinto dalle forze di
Matei e Vasile venne cacciato dai boiardi moldavi che lo sostituirono
con Gheorghe Ştefan, che fu a sua volta seguito da Gheorghe Ghica.
Ghica fu dapprima Principe di Moldavia (1658-1659) e successivamente Principe della Valachia (1659-1660). A lui si deve il trasferimento della capitale della Valacchia da Târgovişte a Bucarest, a quel tempo un importante centro di scambi commerciali sulla strada che univa i mercati dell'Europa Centrale con Costantinopoli.
Tra il
1678 e il 1710 come principi della Vallachia si ebbero Serban
Cantacuzino (1678-1688) e Constantin
Brâncoveanu (1688-1714), che visse nella residenza di Mogoşoaia, esempio
dello stile da lui introdotto come sintesi tra architettura
rinascimentale e bizantina. A causa della sua politica anti-Ottomana,
con le alleanze fatte prima con gli Asburgo e poi con la Russia,
Brâncoveanu fu deposto dal trono dai Turchi, messo agli arresti ad
Istanbul nel 1710, dove venne decapitato il 1714.
Per difendere il suo dominio, l'Impero Ottonano introdusse nel 1711 in Moldavia e nel 1716 in Valacchia il regime Fanariota, che sopravvisse fino al 1821; durante questo regime i principi delle due regioni venivano scelti dagli Ottomani tra i voivodi Greci che risiedevano nel distretto Fener di Istanbul. Contesa tra tre grandi imperi, la Valacchia e la Moldavia divennero campo di battaglia per 150 anni.

Nel 1718 dopo la Pace di Passarowitz con i Turchi, anche l'Oltenia passò dalla Valacchia agli Asburgo, tornando alla Valacchia solo nel 1793, mentre nel 1775 venne annessa all'Impero degli Asburgo anche la Bucovina,regione a nord-ovest della Moldavia.
Dopo che la sconfitta della Polonia e la sua divisione tra l'Impero Austro-Ungarico, Prussia e Russia, quest'ultima grazie a conquiste successive raggiunse il fiume Dniester, diventando così confinante ad Est della Moldavia. Alla fine della guerra Russo-Turca del 1806-1812, la Russia annesse la Bessarabia, la parte più ad Est della Moldavia tra i fiumi Dniester e Prut, che tornò alla Moldavia solo nel 1918.